Aturan 5 Lipinski (Lipinski Rule of Five/RO5)

Aturan 5 Lipinski terdiri dari empat parameter. Kata “lima” lebih mengindikasikan jumlah dan perkaliannya. Parameter aturan lipinski adalah sebagai berikut ini:

• berat molekul (<500),
• kelompok penerima ikatan hidrogen (HBA, <10)
• kelompok donor ikatan hidrogen (HBD, <5)
• LogP terhitung (CLogP <5).

Senyawa yang melanggar lebih dari satu aturan ini dianggap sebagai senyawa berisiko dalam hal ketersediaan biologis oral. Meskipun Ro5 adalah salah satu filter yang terkenal, namun RO5 perlu dilihat sebagai panduan daripada seperangkat aturan yang ketat yang harus diterapkan dalam penemuan obat.

Untuk menghitung RO5 kita bisa menggunakan pustaka rdkit di Python. Langkah pertamanya adalah import pustaka yang diperlukan.

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Lipinski, Descriptors, Crippen

alfa-mangostin

Misalnya kita ambil senyawa alfa-mangostin sebagai contoh, kita bisa search SMILES dari alfa-mangostin dari: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/#query=alpha-Mangostin.

SMILES dari senyawa alfa-mangostin adalah ‘CC(=CCC1=C(C2=C(C=C1O)OC3=C(C2=O)C(=C(C(=C3)O)OC)CC=C(C)C)O)C’.

Dengan mengubah kode SMILES tersebut menjadi mol, kita bisa menghitung NHA, NHB, MolWeight, dan MolLogP dari alfa-mangostin.

NHD=Lipinski.NumHDonors(mol)
NHA=Lipinski.NumHAcceptors(mol)
MW=Descriptors.MolWt(mol)
LogP=Crippen.MolLogP(mol)
RB = Lipinski.NumRotatableBonds(mol)

Didapatkan

Jumlah donor hidrogen:  3
Jumlah akseptor hidrogen:  6
Berat molekul:  410.4660000000002
MolLogP:  5.089000000000004
Rotatable bond:  5

if NHD > 5:
print(‘Melanggar Lipinski’)
else:
print(‘Memenuhi Lipinski’)

Dari perhitungan, semua kriteria RO5 terpenuhi untuk alfa-mangostin.